Необходимость реформы системы здравоохранения была продиктована развалом Советского Союза, переходом суверенного Кыргызстана к рыночной системе, в которой экономике самой приходилось адаптироваться к радикальным изменениям среды на фоне существенного спада объемов государственного финансирования, роста цен на медикаменты и коммунальные услуги.